Egyszer a Hidden Konoha Village-t, azaz az egyik ninja falut megtámadta a Kyuubi (kilenc-farkú rókadémon). Az akkori Hokage (legerősebb ninja a faluban) feláldozva önmagát a démont egy kisgyerek testébe zárta, akit Narutonak hívtak.

12 évvel később Naruto ninja tanuló, és egyben nagy bajkeverő. Nagyon szeretne Hokage lenni, ez a legnagyobb álma, de ezt senki nem nézi ki belőle, mindenki csak nevet rajta, ha ezt mondja. Nem is kedvelik, mert mindenki tudja, hogy egy démon van a testében, tulajdonképp félnek is tőle. Az egyetlen, aki elismeri őt és szereti, az Iruka-sensei (akivel mellesleg mindig ramen-t eszik ^^). Hamarosan genin (alacsonyabb szintű ninja, tulajdonképp kezdő) lesz belőle és egy háromfős csapatba kerül. A csapatban rajta kívül van egy lány, Sakura, egy fiú, Sasuke (a lányok kedvence ^^) , és a tanáruk Kakashi-sensei.

Küldetéseket kapnak, amiket teljesíteniük kell, lesz chuunin (ez már magasabb szintű ninja) vizsga is, ami szintén kemény és hosszú ... ^^). Szóval nyomon követhetjük a karakterek életét, beletekinthetünk múltjukba és a harcok sem maradnak ki.